<?
  $line="1"; # строка, которую нужно удалить

$file=file("my_file.txt");
  $open=fopen("my_file.txt","w");

for($i=0;$i<count($file);$i++)
  {
  if(($i+1)!=$line){fwrite($open,$file[$i]);}
  }

fclose($open); 
  ?>